Les trois enfants de Sam Douglas, agent du FBI, sont kidnappés par le redoutable Hugo Snyder, notoire trafiquant d'armes. Mais c'est sans compter sur les ressources des jeunes gens, initiés par leur grand-père a l'art guerrier des Ninjas.

Les 3 ninjas contre-attaquent

Les trois freres ninja partent pour le parc d'attraction Mega Moutain ou ils esperent rencontrer la superstar de TV Dave Dragon. Pendant que les garcons s'amusent, le malefique Lotahr Zong et ses sbires prennent en otage tout le parc et demandent une rancon de dix millions de dollars. En voyant leur star favorite se faire capturer par les bandits, les garcons vont passer a l'offensive en utilisant leurs formidables pouvoirs et sauver ainsi leur heros et les autres otages.

Les 3 ninjas se révoltent

Rocky, Mustang et Ram Dam tentent d'aider une communauté indienne dont la réserve est polluée par un industriel qui veut les expulser.

Les 3 Ninjas se déchainent

Les frères ninja, "Rocky", "Mustang" et "Ram Dam", se rendent au parc d'attraction Mega Moutain où ils espèrent rencontrer leur idole : la superstar de la télévision Dave Dragon. Mais pendant que les trois garçons s'amusent, Lotahr Zong et ses hommes prennent tout le parc en otage. Ils demandent une rançon de 10 millions de dollars. En voyant leur star favorite capturée par des bandits, les 3 ninjas passent à l'attaque en unissant leurs formidables pouvoirs pour sauver leur héros et les autres otages...